蛋白质的纯化工作开始于工程菌的大量制备。通常培养大肠杆菌用LB培养基，根据要表达蛋白质的特殊要求加入一些特殊的营养物质；一定要加抗生素以避免细菌污染（工程菌具有选择性的抗生素耐药性）。制备用于多（单）波长反常散射（MAD/SAD）X线晶体衍射实验的蛋白质，需要使用特殊培养基（M9），只含有9种生命体生长必须的盐，加入葡萄糖、11种氨基酸+硒取代硫的甲硫氨酸、甘油（提供碳元素），这样获得的蛋白质分子中所有的甲硫氨酸上的硫元素被硒元素取代，其晶体在X线照射下产生的衍射点中有重金属硒的信息，很容易鉴别和定位；硒的信息就像参照系一样，通过比较计算出分子中C、N、O等原子的空间位置信息。H原子的位置通常不可能被计算，除非晶体好到衍射点的分辨率接近原子分辨率（1.1Ǻ）。

那些发明实验方法的人很值得敬佩，即使是一个小小的培养液配方，也会让科学界的面貌大为改观。而在每一个实验室，精通蛋白质纯化的实验员通常为老板所重用，别人要依赖他们提供的样品。这样的人会成为老板“铁打的营盘”中的极少数成员。但是在决大多数实验室，还是“流水的兵”比较多，博士、博士后们八仙过海，各显神通。

在Argonne国家实验室，工作氛围较为轻松，这可能和他们多半的职责是提供服务，完成国家项目有关（自己找钱的压力比较小），其中不乏心灵手巧的聪明人。用2L的可乐瓶来培养细菌就是他们发明的，不仅节约了设备空间（4L的三角瓶很占地方），也节省了劳动力——一次性的塑料用品，使用前不需要高压灭菌，使用后可以用乙醇简单处理就扔掉！

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